农民专业合作社有人员死亡，可以办理注销手续。依据《户口登记条例》，人员死亡后必须进行销户处理，不及时注销将影响人口统计准确性，进而影响政府决策。
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处理农民专业合作社人员死亡注销的常见方式，是依据死亡证明类型进行注销。具体需根据是医疗单位出具的死亡医学证明、社区等出具的死亡证明、公安等出具的死亡证明或火化证明来选择相应注销流程。
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可以注销。具体操作：1.若死于医疗单位，持医疗单位出具的死亡医学证明办理；2.若正常死亡但无医疗证明，持社区、村委会或基层卫生机构证明办理；3.若非正常死亡或不确定死因，持公安、司法部门证明办理；4.若已火化，持殡葬部门火化证明办理。