公司根据扣分扣工资是否合法需视情况而定。分析：根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司应当按时足额支付劳动者的工资，不得克扣或者无故拖欠。若双方在劳动合同中明确约定了通过绩效考核来扣除工资，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣分考核制度可能是合法的。但是，扣分导致工资低于最低工资标准，或公司未经员工同意擅自实施扣分，则构成违法。提醒：若公司频繁以扣分名义克扣工资，或扣分后工资低于最低工资标准，表明问题比较严重，应及时寻求法律专业人士的帮助。
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具体操作：在法律角度下，针对公司根据扣分扣工资的问题，可根据不同情况采取以下具体操作：1.若劳动合同中明确约定了扣分考核制度，且该制度不违反法律法规，员工应遵守该制度。若对扣分有异议，可与公司进行内部协商，寻求解决方案。2.若公司擅自实施扣分制度，或扣分导致工资低于最低工资标准，员工可向当地劳动监察部门投诉，要求公司纠正违法行为并支付被克扣的工资。3.若劳动监察部门未能解决问题，员工可向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。4.若劳动仲裁结果仍不满意，员工可通过法律途径提起诉讼，维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、扣分记录等，以便在需要时提供证明。
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处理方式：从法律角度看，针对公司根据扣分扣工资的问题，常见的处理方式包括内部协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以及提起诉讼等。选择方式：员工应根据具体情况选择合适的处理方式。若问题较为轻微，可先尝试与公司内部协商；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉；若投诉未能解决问题，可申请劳动仲裁；必要时，还可通过法律途径提起诉讼。