银行卡被扣款，应立即查询扣款原因并联系银行。分析：农业银行卡被扣款，可能涉及银行系统错误、第三方代扣协议、诈骗等多种情况。根据《商业银行法》，银行有保障储户资金安全的义务。因此，首先应通过网银、手机银行或到柜台查询扣款明细，了解扣款原因。若扣款有误或未经授权，应立即联系银行客服，申请退款或纠正。提醒：若银行未能及时解决问题，或扣款涉及大额资金、频繁发生，表明问题可能比较严重，应及时寻求律师或相关监管机构的帮助。
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具体操作：1. 查询扣款明细：通过网银、手机银行或到银行柜台查询扣款记录，了解扣款的具体时间、金额及原因。2. 联系银行客服：若扣款有误或未经授权，应立即拨打银行客服电话，说明情况并要求退款或纠正。3. 申请退款或纠正：根据银行要求填写相关申请表格，并提供扣款明细、交易凭证等证据材料。4. 向监管机构投诉：若银行未能解决问题，可向中国人民银行、银保监会等监管机构投诉，提供详细情况说明及相关证据。5. 寻求法律援助：若问题涉及法律纠纷，如诈骗、银行过失等，可寻求律师帮助，通过法律途径维护自身权益。在律师指导下收集证据、提起诉讼或参与调解等。以上操作需根据具体情况灵活调整，确保问题得到有效解决。
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处理方式：从法律角度看，处理银行卡被扣款的方式主要包括：查询扣款明细、联系银行客服、申请退款或纠正、向监管机构投诉、寻求法律援助等。选择方式时，应首先尝试通过银行内部渠道解决问题，如查询扣款明细、联系客服等。若银行未能给予满意答复，可考虑向监管机构投诉或寻求法律援助。具体选择哪种方式，需根据扣款原因、金额大小、发生频率等因素综合判断。