应首先通过协议处理两兄弟祖宅土地使用权问题。依据《土地管理法》，土地争议应先协商，协商不成由人民政府处理。若不及时处理，可能导致兄弟关系破裂及土地权益长期悬而未决。
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常见处理方式为协商或申请政府处理。若两兄弟能友好协商，则签订协议并取得村集体同意；若协商无果，则向乡级或县级以上政府申请处理，以获取正式裁决。
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两兄弟祖宅土地权需协调。操作如下：1.尝试协商，明确土地使用权分配，并签订书面协议，同时需取得村集体同意；2.协商不成时，向乡级或县级以上政府提出申请，由政府介入处理争议；3.对政府处理决定不服，可在规定时间内向法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。