店内因迟到扣钱是否合法需视情况而定。依据《劳动合同法》，若规章制度明确且公示，扣款合法；若无或未公示，则违法。长期无故扣款可能损害员工权益，引发劳动争议。
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处理迟到扣款问题，常见方式有查询公司规章制度、与雇主沟通或申请劳动仲裁。应先查看公司规定，再与雇主协商；若协商无果，可考虑劳动仲裁维护权益。
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学徒迟到被扣钱，回应是需查规定。具体操作：1.查阅公司规章制度，确认是否有迟到扣款规定；2.若有规定且合理，接受扣款；3.若无规定或不合理，与雇主沟通，要求停止扣款；4.沟通无果，向劳动仲裁部门申请仲裁，维护自身合法权益。